כתב האישום בפרשת 4000 טוען שנתניהו ביצע "פעולות שלטוניות" לטובת אלוביץ' בתמורה ל"היענות חריגה" של אתר וואלה לדרישות של פרסום, שינוי והסרת ידיעות באתר.

כתב האישום כולל 133 סעיפים המתחלקים כדלקמן:

​

רקע רלוונטי לאישום – (סעיפים 1-16 - 16 סעיפים)

אלו סעיפים שמתארים עובדות כלליות ואירועים שקרו במהלך התקופה המדוברת שחלקם אף אינן מהווים עבירה ואינם נמצאים במחלוקת. הם אינם כוללים אישומים ספציפיים ולכן נפסח עליהם.
 

המתת שקיבל נתניהו (היענות חריגה) – (סעיפים 17-40 - 24 סעיפים)
אלו סעיפים המתארים מה לכאורה קיבל נתניהו מאתר וואלה ומהם יש התייחסות לנספח המפורסם של 315 אירועי הסיקור ממנו נגזר שם האתר שלנו ואליו התייחסנו בהרחבה, ועוד נתייחס.

 

התמורה שנתן נתניהו (פעולות שלטוניות) – (סעיפים 41-89 - 49 סעיפים)
אלו סעיפים המתארים מה לכאורה נתן נתניהו לשאול אלוביץ' תמורה המתת שקיבל.
 

מרמה והפרת אמונים (ניגוד העניינים) – (סעיפים 90-110 - 21 סעיפים)
אלו סעיפים הטוענים שהיחסים ארוכי השנים של נתניהו עם שאול אלוביץ' העמידו את נתניהו בניגוד עניינים בעת שעסק בנושאים הקשורים אליו.

 

עבירות של אלוביץ' – (סעיפים 111-133 - 23 סעיפים)
אלו עבירות בהן מואשם אלוביץ' (ונובעות מהסעיפים הקודמים) וממילא אינן נוגעות לראש הממשלה ואין עליו להתגונן בפניהן.